①雨による流亡（酸性化原因の 20％～ 30％）
②生理的酸性肥料（酸性化原因の 50％）
③作物の吸収（酸性化原因の 20％～ 30％）
④酸性化しやすい土壌（火山灰土と沖積土）
⑤転換畑の酸性化（水田から畑）
⑥深耕による酸性化（下層土は塩基不足で酸性）

①植物体内に過剰にある有機酸を中和する。
②ペクチンと結合して細胞膜を強くし、病気に強くなる。
③根の発育を促進する。

石灰は植物体内で移動しにくいので、石灰が不足すると、細胞の分裂と伸長が急激に起こる部位（生長点や肥大中の果実など）に欠乏症が現れる。
石灰は、肥料として作物に吸収されるばかりでなく、土壌の適性pHの確保、土壌コロイドの団粒化の促進、微生物活性の増大、地力窒素の活用、陽イオン交換容量の増大、リン酸の有効化、重金属の固定などの役割を果たす。